Ancré dans son rôle de recours, le CHRU conduit une politique de partenariat avec les établissements de la région et les autres CHU, en particulier celui de Dijon. Il assure également pleinement ses missions d'enseignement, de recherche et d'innovation et mène dans ces domaines une véritable stratégie de coopération : le CHRU de Besançon est membre de la Fondation de coopération scientifique Bourgogne Franche-Comté.
Le centre hospitalier régional et universitaire de Besançon assure une triple mission :
Le soin
Le CHRU propose un service public de soins et de prévention. Il assure une permanence des soins 24h/24 ainsi que l'accueil des malades dans les services d'urgence : médico-chirurgicales adultes, traumatologiques, cardiologiques, gynéco-obstétriques, pédiatriques et psychiatriques.
L'enseignement
Le CHRU participe à la formation initiale des médecins : en 2013 plus de 1000 étudiants et internes ont été formés en médecine et en pharmacie.
L'Institut de formation des professions de santé (aide-soignant, auxiliaire de puériculture, ambulancier, infirmier, puériculteur, infirmier de bloc opératoire, infirmier anesthésiste, masseur kinésithérapeute, cadre de santé) et l'Ecole de sages-femmes accueillent près de 900 étudiants qui préparent une formation diplômante.
La recherche
La recherche favorise l'acquisition de nouvelles connaissances et permet aux patients de bénéficier des traitements et dispositifs les plus innovants.
Parce qu'elle est essentielle au progrès médical et contribue à l'amélioration de la qualité des soins, la recherche au CHRU est active et concerne de nombreuses équipes.
L'établissement assure une importante activité d'enseignement et de recherche et est membre de la Fondation de coopération scientifique Bourgogne - Franche-Comté.